งานพันธกิจเรือนจำมีอยู่ 4 ที่ด้วยกันคือ 1.พันธกิจเรือนจำกลางฉะเชิงเทรา ภายใต้การดูแลของคริสตจักรมิตรสัมพันธ์ฉะเชิงเทรา 2.พันธกิจทัณฑสถานหญิงธนบุรี 3.ทัณฑสถานหญิงอยุธยา 4.ทัณฑสถานหญิงนครปฐม ภายใต้การดูแลของคริสตจักรปันรัก พันธกิจเรือนจำมีการติดตามผลและช่วยเหลือเบื้องต้นสำหรับผู้ต้องขังที่พ้นโทษออกมา เช่น ส่งเสริมด้านอาชีพ ส่งเสริมด้านฝ่ายจิตวิญญาณประสานคริสตจักรท้องถิ่นเข้าติดตามเลี้ยงดูด้านฝ่ายจิตวิญญาณ เป็นต้น